粤港澳大湾区协同发展是“一国两制”框架下的跨域治理范畴。作为探索粤港澳大湾区跨域治理创新的三个重大合作平台，前海、横琴、南沙在治理主体、治理手段和治理机制三个方面表现各不相同，形成了强调法定机构治理的“前海模式”，强调政府政策工具的“横琴模式”以及强调社会复合主体治理的“南沙模式”。对三大平台跨域治理实践模式的比较分析表明，权责定位和利益关系、任务型功能治理、政府注意力差异性，决定了三大平台跨域治理实践的主体、手段和机制各有侧重。因此，推动粤港澳大湾区跨域治理模式创新，需要形成以政府为主导、多元主体共同参与的跨域合作治理体系，需要创新运用行政、法律和市场综合手段的治理模式，需要建立从政策制定到执行再到评估的系统完备治理机制，还需要深化前海、横琴、南沙三个重大合作平台协同联动，推动粤港澳全面合作向纵深发展。